Isabela fue colonizada por Antonio Gil en 1897, quien se estableció con su familia y otras personas para emprender una nueva vida en esta isla deshabitada. Ellos trajeron sus animales domésticos y se dedicaron al cultivo de la tierra. En la Segunda Guerra Mundial los norteamericanos establecieron una base militar a 7km de Puerto Villamil. Luego de esta guerra, el Gobierno del Ecuador estableció una Colonia Penal en Isabela, y uno de los campamentos de presidiarios usó las instalaciones que dejaron los americanos, en el sitio que ahora se llama el Muro de las Lágrimas. En 1959 se abolió la Colonia Penal. En el mismo año se creó el Parque Nacional Galápagos y la Estación Charles Darwin. Poco a poco fueron llegando más personas del Ecuador Continental, principalmente en los años 70, quienes en su mayoría se radicaron en la zona agropecuaria en la parte alta de la isla.

Con el paso del tiempo los pobladores fueron abandonando los trabajos en la agricultura y se dedicaron a la pesca, sin embargo desde el 2005 se ha desarrollado el ecoturismo, que casualmente coincidió con la erupción del Volcán Sierra Negra, siendo desde entonces la principal fuente de economía de Ia isla.

Su nombre “Isabela”, es en honor a la Reina Isabel I de Castilla, que patrocinó el viaje de Cristóbal Colón, en idioma inglés se la conoce además como Albemarle, en honor al Duque de Albemarle.